Pierwsza inteligentna platforma do analizy fagów ma w bazie już 18 tys. fagów
Proteon Pharmaceuticals
Tylna 3a
90-364 Łódź
mszymanska|proteonpharma.com| |mszymanska|proteonpharma.com
+48605491006
https://www.proteonpharma.com
Proteon Pharmaceuticals S.A., polska firma biotechnologiczna i lider w stosowaniu bakteriofagów (fagów) do modulacji mikrobiomu w celu poprawienia zdrowia zwierząt i ryb hodowlanych, udowodniła, że odważny pomysł na wykorzystanie luki rynkowej, połączony z doskonałym wdrożeniem, może dać innowacyjne na globalną skalę rozwiązanie.
Pierwsza na świecie wykorzystująca sztuczną inteligencję webowa platforma PhageAI, która powstała w ścisłej współpracy między Proteon Pharmaceuticals S.A. i start-upem SLAVIC AI, wniosła nową jakość do naukowego świata zajmującego się badaniem bakteriofagów. PhageAI (https://phage.ai/) umożliwia weryfikację cyklu życiowego bakteriofaga (lityczny/lizogenny) z dokładnością do ponad 98%. Dzięki zaawansowanemu algorytmowi wykorzystującemu techniki uczenia maszynowego czas potrzebny do zbadania bakteriofaga został skrócony kilkasetkrotnie w porównaniu do manualnego sprawdzania. Wynik, na którego uzyskanie dotychczas należało poświęcić nawet do kilkudziesięciu godzin analiz, otrzymuje się w około 5 sekund.
Od uruchomienia w 2019 roku platforma doczekała się kolejnych odsłon poszerzających zakres jej funkcjonowania. Firma Proteon bezpłatnie udostępniła aplikację PhageAI branży fagowej w celu poprawienia wydajności oraz poszerzenia badań i rozwoju bakteriofagów jako narzędzia do poprawy zdrowia i życia ludzi i zwierząt. W tej chwili użytkownicy z całego świata, zwłaszcza z Europy i USA, aktywnie korzystają z PhageAI do sekwencjonowania bakteriofagów.
Jak działa PhageAI?
PhageAI umożliwia dostęp do wszystkich 18 tysięcy publicznych bakteriofagów wraz z ich sekwencjami DNA w formacie FASTA. Po wgraniu sekwencji DNA danego bakteriofaga użytkownik w ciągu kilku sekund otrzymuje predykcję dla jego cyklu życia (lityczny/lizogenny) wraz z wartością prawdopodobieństwa, dzięki użytemu do tego celu algorytmowi AI. Użytkownicy mogą tworzyć projekty publiczne bądź prywatne, w zależności od swoich potrzeb, w celu organizacji pracy z bakteriofagami pod konkretne cele badawczo-rozwojowe. Zastosowane interfejsy programistyczne umożliwiają włączenie PhageAI do własnych procesów bez konieczności używania przeglądarki internetowej, a dedykowana sekcja komentarzy pozwala na wymianę wiedzy na temat bakteriofagów z innymi naukowcami i badaczami z całego świata.
PhageAI jest pierwszym na świecie rozwiązaniem tak usprawniającym i przyspieszającym pracę biotechnologów i genetyków badających bakteriofagi. Platforma jest stale rozwijana dzięki ciągłej współpracy obu firm.
Jak powstał Phage AI
Pomysłodawcami projektu są doświadczeni bioinformatycy z Proteon Pharmaceuticals Joanna Kazimierczak i Arkadiusz Guziński oraz założyciel start-upu - Piotr Tynecki.
W 2018 roku wzięliśmy udział w hackathonie informatycznym BioHack 2018 jako Partner wydarzenia – mówi Joanna Kazimierczak, współautorka pytania konkursowego “The analysis of bacteriophage genomes considering their lytic/lysogenic potential” (Analiza genomu bakteriofagów na podstawie ich potencjału litycznego/lizogennego). Zadanie zostało zrealizowane m.in. przez zespół SLAVIC z Białegostoku, który ostatecznie zwyciężył w konkursie, tworząc w niecałe 24h obiecujące rozwiązanie problemu poprzez zastosowanie algorytmów AI.
Dwa miesiące później prof. Jarosław Dastych, założyciel i Prezes Proteon Pharmaceuticals, nawiązał stałą współpracę z liderem zwycięskiego zespołu SLAVIC – Piotrem Tyneckim, programistą Python i doktorantem Politechniki Białostockiej. Jej celem było opracowanie zakresu i specyfikacji dla kompleksowej platformy do analizy i klasyfikacji genomów bakteriofagowych wśród społeczności naukowo-badawczej. W ten sposób narodziła się idea projektu informatycznego PhageAI.
Prace deweloperskie nad projektem PhageAI rozpoczęto na początku stycznia 2019, zaś pierwsza publiczna wersja Beta miała swoją premierę podczas konferencji Phages 2019 w St. Hilda’s College w Oxfordzie w połowie września 2019.
___________________
Proteon Pharmaceuticals S.A. jest liderem w technologii bakteriofagów (fagów) używanych w hodowli zwierząt i ryb. Produkty Proteon modulują mikrobiom, w celu poprawienia zdrowia zwierząt i ryb hodowlanych, zwiększając tym samym jakość i wydajność produkcji zwierzęcej. Stworzona przez nas specjalistyczna platforma wykorzystuje technologie omiczne, biologię molekularną, bioinformatykę i sztuczną inteligencję (AI), aby tworzyć skuteczne, niezawodne i bezpieczne rozwiązania antybakteryjne dla ochrony zdrowia zwierząt. Proteon był pierwszą firmą, która opracowała efektywne dodatki paszowe na bazie bakteriofagów do zwalczania infekcji bakteryjnych u drobiu. Pierwsze produkty Proteon są komercyjnie dostępne w Azji, gdzie poprawiają stan zdrowia i zmniejszają ryzyko oporności na chemiczne środki przeciwbakteryjne (AMR). W wyniku partnerstwa handlowego z DuPont Animal Nutrition niektóre rozwiązania Proteon będą wkrótce będą dostępne na całym świecie.
SLAVIC AI to białostocki start-up specjalizujący się w badaniu i wdrażaniu sztucznej inteligencji pod kątem rozwiązywania problemów z dziedziny “LifeScience”. Firma projektuje i wytwarza oprogramowanie wykorzystujące rezultat uczenia Sieci Neuronowych (Deep Learning) na setkach tysięcy sekwencji nukleotydowych oraz białek. Jedną z kluczowych realizacji SLAVIC AI jest projekt PhageAI. Firmę tworzą laureaci prestiżowych konkursów branżowych a także zwycięzcy hackathonów.
Agrii Polska stawia na ludzi i wiedzę
World Futures Day 2024
Dzień Nauki Polskiej - w Polsce przedmioty ścisłe sprawiają problemy aż połowie
Kalendarium
Więcej ważnych informacji
Jedynka Newserii
Jedynka Newserii
Transport
Chiny przyspieszają inwestycje w odnawialne źródła. Nie przestają jednak rozbudowywać mocy węglowych
Coraz dotkliwsze skutki zmian klimatycznych, ale przede wszystkim chęć zbudowania bezpieczeństwa energetycznego i uniezależnienia się od zewnętrznych dostaw surowców skłoniły rząd w Pekinie do ekspresowych inwestycji w nowe moce odnawialnej energii. W efekcie Chiny wyrastają na globalnego lidera transformacji energetycznej – odpowiadają dziś za największy na świecie przyrost mocy zainstalowanych w fotowoltaice i wiatrakach. Co ciekawe, nie rezygnują jednak przy tym również z inwestycji w energetykę węglową.
Infrastruktura
Polskie rolnictwo potrzebuje inwestycji infrastrukturalnych. Niezbędna jest budowa agroportów i rozwój połączeń kolejowych
Brak inwestycji w porty i kolej ogranicza potencjał eksportu rolnego, oznacza też problem z tranzytem ukraińskiego zboża. Konieczna jest przede wszystkim budowa agroportów. – Mierzymy się z dużą nadwyżką zboża, którą trzeba wywieźć jak najszybciej, żeby zwolnić powierzchnie magazynowe do żniw na kolejny sezon, i w związku z tym potrzebne jest coraz szybsze tempo wywożenia – mówi Stefan Krajewski, wiceminister rolnictwa i rozwoju wsi. Część ekspertów zastanawia się jednak nad długofalowym uzasadnieniem takich inwestycji.
Ochrona środowiska
Ciech od czerwca będzie działać jako Qemetica. Chemiczny gigant ma globalne aspiracje i nową strategię na sześć lat
Globalizacja biznesu, w tym możliwe akwizycje w Europie i poza nią – to jeden z głównych celów nowej strategii Grupy Ciech. Przedstawione plany na sześć lat zakładają także m.in. większe wykorzystanie patentów, współpracę ze start-upami w obszarze czystych technologii i przestawienie biznesu na zielone tory. – Mamy ambitny cel obniżenia emisji CO2 o 45 proc. do 2029 roku – zapowiada prezes spółki Kamil Majczak. Nowej strategii towarzyszy zmiana nazwy, która ma podsumować prowadzoną w ostatnich latach transformację i lepiej podkreślać globalne aspiracje spółki. Ciech oficjalnie zacznie działać jako Qemetica od czerwca br.
Szkolenia
Akademia Newserii
Akademia Newserii to projekt, w ramach którego najlepsi polscy dziennikarze biznesowi, giełdowi oraz lifestylowi, a także szkoleniowcy z wieloletnim doświadczeniem dzielą się swoją wiedzą nt. pracy z mediami.