Polski start-up szykuje platformę do przetwarzania danych pochodzących z ludzkiego genomu. Analiza informacji genetycznych może pomóc m.in. w walce z koronawirusem

Analiza dużych zbiorów danych usprawni badania z zakresu genomiki. Mogą być one kluczowe chociażby w kontekście walki z rozprzestrzeniającą się na całym świecie epidemią koronawirusa. Polska firma rozwija platformę genomową opartą na sztucznej inteligencji. Rozwiązanie proponowane przez Polaków pozwala opracowywać duże zbiory danych w krótkim czasie i sporządzać na ich podstawie wąsko sprofilowane analizy.

– Nasz genom składa się z dużej ilości danych. Jeżeli zaczynamy go analizować i przetwarzać na dużą skalę, to trafiamy na ścianę związaną z możliwością obróbki tych danych. My implementujemy technologię open source’owe, które są dobrze znane w świecie Big Data, do tego typu danych genomicznych, przy okazji optymalizując niektóre z przetworzeń po to, żeby można było bardziej efektywnie zadawać pewne pytania albo w ogóle zacząć je zadawać, bo do tej pory nie było takiej możliwości – mówi w rozmowie z agencją Newseria Innowacje Rafał Małanij, współzałożyciel Zettagene.

Opracowana przez polską firmę platforma genomowa iGAP opiera się na  zoptymalizowanych algorytmach zapytań, dzięki czemu odzwierciedla specyfikę danych genomowych i umożliwia efektywne opracowywanie danych. Zdefiniowany model danych umożliwia opracowywanie informacji pochodzących z różnych źródeł w ujednoliconym środowisku. Dostęp do danych jest elastyczny i pozwala na łączenie zestawów różnych wariantów czy przedziałów genomowych.

– Analiza danych genomicznych to jest przyszłość. Wiemy, że będzie tych danych coraz więcej – przekonuje Rafał Małanij. – My skupiamy się na twardej technologii pod spodem, dostarczamy platformę do przetwarzania danych.

Analiza danych genomowych może rozwiązać wiele problemów współczesnej medycyny. Lenovo, największy na świecie producent superkomputerów i komputerów osobistych, współpracuje z gigantem układów elektronicznych Intelem i chińską firmą BGI zajmującą się naukami przyrodniczymi, aby przyspieszyć analizę genomu koronawirusa. Dostarczana przez informatycznych gigantów technologia wesprze naukowców w badaniu toksyczności, trybu przenoszenia i interakcji między patogenami a nosicielami. Usprawni to badania epidemiologiczne i projektowanie szczepionek. Jest to niezbędne do opracowania lepszych metod diagnostycznych i skutecznych szczepionek lub innych środków ochronnych, takich jak immunoterapia.

Tymczasem Polacy chcą dotrzeć do instytutów badawczych, które dążą do tego, by przetwarzać informacje genetyczne szybciej i  efektywniej.

– Nasi odbiorcy to przede wszystkim duża farma i narodowe programy sekwencjonowania. Zatem generalnie każdy instytut badawczy, który przetwarza powyżej 5–10 tys. genomów i chce to robić w sposób uporządkowany – wskazuje współzałożyciel Zettagene.

Analitycy MarketsandMarkets prognozują, że globalny rynek genomiki osiągnie do 2024 roku wartość 35,7 mld dol. W 2019 roku było to 18,9 mld dol.